【實錘】《科學》:紐約市新冠起源于歐洲和美國

??這項研究在5月29日發表在《科學》雜志上，這是首次追蹤紐約市病例來源的研究，該研究表明，SARS-CoV-2在紐約市的爆發最主要是由于美國和歐洲之間未經追蹤的傳播引起的，并沒有證據支持病毒是從中國或其他亞洲國家引入的。研究人員還記錄了在此期間SARS-CoV-2在紐約市的早期社區傳播。

??該研究小組對西奈山衛生體系（Mount Sinai Health System）的一家醫院就診的患者中導致COVID-19的病毒進行了測序，這些患者在西奈山衛生體系的其中一個醫院尋求治療。對84個不同的SARS-CoV-2基因組進行的系統發育分析表明，多個獨立但孤立的引種主要來自歐洲和美國其他地區。研究人員在居住在不同社區的患者中發現了相關病毒集群，這表明社區的傳播在3月18日就已經開始了。

??西奈山伊坎醫學院的病原體監測計劃（PSP）是一個多學科的機構基礎設施，旨在生成高分辨率、近乎實時的有關病原體的基因信息。大量的病人在紐約市西奈山衛生體系中尋求治療。隨著對生物標本編碼，核酸提取和qPCR量化，建立在Illumina和Pacific Biosciences技術的新一代測序技術方法可提供有關病原體基因組的信息。這一過程已經得到了優化，可以快速運轉，優化了數據組裝，最后重要的一點是，它與已識別的人口統計信息相集成。

??對于每個指定的分支，他們根據紐約的序列位置和可用的流行病學信息確定了不同類型的輸入事件。第一個病毒分離株來自于一位有中東旅行暴露史的患者(A3支，節點5)，第二個分離株來自于一位有歐洲旅行史的患者(B支，節點6)。其余的分離株，絕大多數(87%)聚集在A2a枝上。這一分支主要由來自歐洲的新冠患者分離毒株組成(72%)，這表明來自歐洲的病毒引入是3月第一周在紐約暴發的病毒主體。

??奇費里表示，“我們的研究為這種新型病毒病原體的起源和多樣性提供了出乎意料的見解。我們找到了明確的證據，證明有來自世界各地和美國的不同來源多次獨立引入大都市圈。此外，我們在整個城市的不同社區中發現了菌株群，這表明未經追蹤的社區傳播在3月18日之前已經開始，我們的研究結果強調了在出現新的病原體的情況下，早期公共衛生應對的必要性。希望我們發現的有關早期傳播和引入國家震中的證據將為今后的公共衛生提供指導，能夠在大流行早期階段做出貢獻。”